按照批復，三峽水庫對長江上游洪水進行調控，使荊江河段防洪標準達到100年一遇，遇100年以上至1000年一遇洪水，包括類似1870年洪水時，控制枝城流量不大于每秒80000立方米，配合分蓄洪區的運用，保證荊江河段行洪安全，避免南北兩岸干堤潰決發生毀滅性災害。根據城陵磯河段防洪要求，考慮長江上游來水情況和水文氣象預報適度調控洪水，減少城陵磯地區分蓄洪量。
根據三峽水庫蓄水發電以來的運用實踐，及長江上游流域水文情勢的變化特點，為充分發揮三峽工程防洪、航運效益，為長江中下游防洪、壩址上下游及兩壩間航運安全提供保障，國家防總正式批準三峽水庫可以實施中小洪水的蓄洪調度。即當長江上游發生中小洪水，根據實時雨水情和預測預報，在三峽水庫尚不需要實施對荊江或城陵磯河段進行防洪補償調度，且有充分把握保障防洪安全時，三峽水庫可以相機進行調洪運用。
根據批復，三峽水庫2011年汛期防洪限制水位為145米，6月10日至8月31日期間，水庫在不需要因防洪要求攔蓄洪水時，原則上應按防洪限制水位145米控制運行，實時調度過程中，可以按照2009年10月國務院批準的《三峽水庫優化調度方案》規定，水庫水位在144.9米至146.5米之間浮動。
8月31日以后，當預報上游不會發生較大洪水，且沙市、城陵磯水位分別低于40.3米、30.4米時，結合后期175米試驗性蓄水要求，9月10日水庫水位按150米至155米控制運行。
目前，中國三峽集團梯調中心已經做好了梯級樞紐防洪度汛的各項準備工作。汛期，三峽梯調中心將嚴格執行國家防總下達的關于《三峽—葛洲壩水利樞紐2011年汛期調度運用方案》的批復意見，充分利用流域水雨情自動測報、預報系統，密切監視流域汛情及樞紐運行動態，精心分析、準確預報、科學防洪、優化水庫調度，充分發揮梯級樞紐的防洪、發電、航運效益。
